当寺の開基、由来については、諸説があって確定し難い。
文亀二年（一五〇二）金蓮寺七末寺の一寺として建立されたとも伝えられ、また明治初年の｢寺院取調｣によると、延宝七年（一六七九）仁良和尚の開山とも記され、当寺に伝わる｢萬記録｣によれば、享保一〇年（一七二五）開基とも記録されている。

明和八年（一七七一）筆書の｢寺院判鑑｣には、
本寺温泉郡石手村石手寺末
「真言宗　瑠璃山医王院　教深寺」
「延京五辰年二月入院　実名本城」
との記述がある。｢萬記録｣｢寺院判鑑｣等によると、最近までは石手寺末寺であったことが判る。

寺の主な行事としては、春秋の彼岸会・灌仏会・施餓鬼会・大般若会（三月十三日）・日待祈祷・盂蘭盆会等がある。
また、毎月第三日曜日には午前八時より観音講が開かれ、檀家の篤信の人々によって御詠歌が奉納されている。

明治初年頃まで近接して寺子屋｢小松庵｣があり、庵の規模などは不明であるが、松山藩学明教館出身の太田熊衛が子弟を教育していた。
明治五年（一八七二）｢学制頒布｣により学区制が定められ、翌六年、小松庵塾は、上高柳墨水小学校の分校となった。